A ocupação humana das terras onde viria se estabelecer a cidade de Cabo Frio teve início há mais ou menos seis mil anos, quando um pequeno bando nômade de famílias chegou em canoas pelo mar e acampou no Morro dos Índios até então pequena ilha rochosa na atual barra da Lagoa de Araruama e ponto litorâneo extremo da margem de restinga do Canal do Itajuru.

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Conforme as evidências arqueológicas encontradas nesse "sambaquí", que mais tarde seria abandonado pelo esgotamento de recursos para sobrevivência, o grupo nômade dispunha de tecnologia rudimentar e baseava-se numa economia de coleta, pesca e caça, onde os moluscos representavam quase todo o resultado do esforço para fins de alimentação e adorno. Há mais de 1 500 anos, os guerreiros indígenas tupinambás começaram a conquista do litoral da região.

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Em 1503, a terceira expedição naval portuguesa para reconhecimento do litoral brasileiro, sofreu um naufrágio em Fernando de Noronha e a frota remanescente se dispersou. Dois navios, sob o comando de Américo Vespúcio, seguiram viagem até a Bahia e depois até Cabo Frio. Junto ao porto da barra de Araruama, os expedicionários construíram e guarneceram com 24 "cristãos" uma fortaleza feitoria para explorar o pau-brasil, abundante na margem continental da lagoa.

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O antigo nome de Cabo Frio era Gûatapytyba, que em tupi significa "ajuntamento de búzio".[8] Os franceses traficavam pau-brasil e outras mercadorias com os índios, na costa brasileira, desde 1504. Durante as três primeiras décadas do século XVI, praticamente restringiram sua atuação ao litoral da região nordeste.

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A partir de 1540, por causa do rigoroso policiamento naval português nestes mares, os franceses exploraram o litoral e levantaram os recursos naturais de Cabo Frio. Em 1556, construíram uma fortaleza-feitoria para exploração de pau-brasil, na mesma ilhota utilizada anteriormente pelos portugueses, junto ao porto da barra de Araruama. A "Casa de Pedra" cabofriense ampliou e consolidou o domínio francês no litoral sudeste.